Les Titres tant espérés....
Le Titre en 1997 :
Les Marlins nomment Jim Leyland comme manager et engagent le 3ème base Bobby Bonilla, le champ-extérieur Moises Alou et le lanceur Alex Fernandez. Avec ces renforts, les Marlins signent 92 victoires en 1997 et accrochent, à la surprise générale, 1 wild card pour les play-offs.
Eliminant successivement les San Francisco Giants (3-0), les Atlanta Braves (4-2) et les Cleveland Indians (4-3), les Marlins remportent les Séries mondiales.
Cette saison gagnante est suivie par 5 saisons négatives. Sportivement, la plus terrible est celle de 1998 avec 54 victoires pour 108 défaites ; Au niveau des affluences, les Marlins touchent le fond en 2002 en enregistrant seulement 10 038 spectateurs de moyenne par match.
Le Titre en 2003 :
Propriétaire de la franchise depuis sa création, H. Wayne Huizenga la cède à John Henry en 1998. Jeffrey Loria devient propriétaire le 16 février 2002 contre 158 millions de dollars. L'ex-propriétaire des Expos de Montréal arrive chez les Marlins avec le staff des Expos et licencie d'emblée 60 employés.
En 2003, les Marlins rééditent leur coup de 1997. Wild card surprise, la franchise remporte ses 2èmes Séries Mondiales face aux New York Yankees en 6matches. Les arrivées du receveur Iván Rodríguez et du champ-extérieur Juan Pierre expliquent en partie cette performance.
À son habitude, les Floridiens ne parviennent pas à enchainer après ce succès, et replonge dans les classements. En 2007, les Marlins n'enregistrent ainsi que 71 victoires pour 91 défaites.